吉林医药学院1952年建校，前身为中国人民解放军第四军医大学吉林军医学院。2004年8月，学校由军队整体移交吉林省，成为省属公办高等学校，现为吉林省惟一独立设置的西医本科院校。2013年通过教育部本科教学工作合格评估，2017年通过教育部临床医学专业认证，有效期6年。学校现为吉林省硕士学位授权单位立项建设A类高校。
学校现有21个党政机关、3个群团组织、14个教学单位、5个直属单位、2个教辅单位、1个科研单位；2所附属医院和3所非直属附属医院，均为三级甲等医院；各类实习实训基地163家。现有全日制在校生10443人，其中临床医学专业留学生343人。近3年，毕业生初次就业率保持在85%以上。
校本部教职工675人，专任教师470人，其中兼职博士研究生导师2人、硕士研究生导师57人，硕士及以上学位教师324人，高级职称219人。拥有新世纪百千万人才工程国家级人选1人、全国优秀科技工作者1人，享受国务院政府特殊津贴专家1人、教育部新世纪优秀人才支持计划人选1人、教育部高等学校教学指导委员会委员1人，现有吉林省人大代表1人、吉林省政协委员2人、省拔尖创新人才10人、省突出贡献中青年专业技术人才7人、省高校首批学科领军型教授1人、省高校新世纪科学技术优秀人才1人、省青年科技奖2人、省教学名师3人、省教育系统先进工作者1人、省优秀教师2人、省教学新秀1人。
现开设21个本科专业，6个专科专业，分布于医、理、工、管4个学科门类。现有国家级特色专业1个、省高水平特色专业A类2个、省一流本科专业建设点6个、省级特色专业4个、省级品牌专业建设点2个、省转型发展示范单位3个、省创新创业教育改革试点专业2个、省级人才培养模式创新实验区3个、省级黄大年式教师团队1个、省级优秀教学团队9个、首批国家虚拟仿真实验教学项目1个、教育部产学合作协同育人项目13项、省级实验教学示范中心4个、国家精品资源共享课1门、国家级精品课程１门、国家精品在线开放课程1门、国家级一流课程4门、省级精品课程16门、省级精品在线开放课程6门（A类4门、B类2门）、省级“学科育人示范课程”２项、省级校企合作开发立项建设课程1项；获吉林省教学成果奖一等奖2项。
科研学科基础扎实。近5年，学校立项国家自然科学基金项目15项，其中与南京大学合作国家重大科研仪器研发项目1项。获吉林省科学技术奖15项，其中二等奖8项；发表SCI收录论文94篇；获省社会科学优秀成果奖三等奖2项；发明专利19项。临床医学、药学获批省特色高水平学科优势特色学科 A类、B类，有省高校“十二五”优势特色重点立项建设二级学科2个，重点立项培育一级学科1个。现与延边大学、吉林农业大学、长春中医药大学等联合培养研究生，2015年，学校成为省属首批联合培养硕士研究生工作试点单位，与延边大学联合培养硕士研究生32人。现有省级科研平台22个，其中省科技创新中心1个（吉林省抗体工程科技协同创新中心）、“院士工作站”1个；吉林市应用产业研究院4个、产业研究中心1个。
国际合作交流广泛开展。现有客座教授29人，外籍教师1人。学校先后与美国、英国、澳大利亚、韩国、印度、荷兰、白俄罗斯等10多个国家的高校、科研院所、医院建立了合作关系。同香港Maryknoll医院合作开展1+Ｎ境外育才项目，与美国圣约翰大学、韩国大邱保健大学、加图立大学签订合作协议，现有教育部中外合作办学项目1个，与韩国建阳大学联合开办生物制药本科专业。现有留学生343人，来自8个国家。定期选派优秀教师出国交流学习，2014年以来，共54人相继赴英国、澳大利亚、美国和加拿大等地学习。
学校是全国科普教育基地、教育部国防教育特色学校、首批中医类别实践技能考试11个国家基地之一、国家执业医师考试吉林省基地、全国农村订单定向医学生培养院校联盟副理事长单位、省全科医生培养典型单位、省农村订单定向免费医学生培养单位、省村级医疗卫生技术人才培训基地、吉林市卫生技术人才培训基地。临床技能中心是国家执业医师考试吉林地区考点、社区医生培训基地。学校是中国药理学会合理用药科普吉林示范基地，是省解剖学会、省微量元素科学研究会理事长单位、省心理学会副理事长单位，省科学社会主义学会会长单位。
学校附属四六五医院占地面积4.43万平方米，资产总额3亿元，医院编制床位数500张，大中型医疗设备800余台（件），现为首批国家临床教学培训示范中心、国家住院医师规范化培训基地、全国护理科普教育基地、吉林市区域医疗中心和多地定点医疗单位。附属梅河口市中心医院占地面积6.00万平方米，编制床位数1000张，现有省级重点实验室2个，获评全国百姓放心百佳示范医院、“全国县级医院百强、中部省份十强”、全国文明单位、吉林省劳动模范集体、省级文明单位、全省卫生系统行风建设先进单位、省级诚信单位等众多殊荣。
